有兩篇研究指出，如果全部考慮生化燃料生產過程的影響，綠色的生化燃料反而造成更多溫室效應氣體的排放。

農地吸收的碳比雨林或原有的環境少很多。從全球來看，生化燃料的生產，直接或間接、有意或無意間，為了食物或生化燃料，導致新的土地被清除用來。

清除草地釋放的溫室氣體是生化燃料一年省的量的 93倍。

-- 紐約時報 -- 

一公升(1000cc)的乙醇(酒精) 生化燃料需要 555公升的水來生產。不過美國某些玉米生產地區，一公升的乙醇只需要26.4公升的水。